Le Séminaire Théologique Saint-Cyprien ouvrit ses portes, le 1er octobre 1979, à cinq scolastiques CICM venus de Kinshasa (Zaïre). Par « Séminaire Théologique Saint-Cyprien », on entendait alors le complexe comprenant la communauté de formation cicm et l’établissement scolaire.
Fondé par la Congrégation du Cœur Immaculé de Marie (Missionnaires de Scheut) pour la formation de ses membres, le Séminaire Théologique Saint-Cyprien accueillit, dès la rentrée 1980, des religieux membres d’autres Congrégations ou Instituts. Concernant le corps professoral, il convient de noter que, dès le début, il y avait déjà des non cicm qui fonctionnaient comme professeurs vacataires. Par ailleurs, il n’est pas inutile de rappeler que le Séminaire Théologique Saint-Cyprien entendait être une Institution pour la formation de jeunes religieux clercs missionnaires.
A la fin de l’année académique 1981-1982, lorsque les premiers finalistes terminaient le cursus institutionnel, le Séminaire Théologique Saint- Cyprien pouvait se réjouir d’avoir accueilli 32 étudiants. Au cours de l’année 1982, le Séminaire Théologique Saint-Cyprien connut une profonde métamorphose: réuni au Mont-Fëbe du 12 au 17 avril 1982, le Comité restreint de la Région cicm d’Afrique et la Commission régionale pour la Formation initiale cicm décidèrent de séparer l’établissement scolaire de la communauté de formation. A partir de ce moment, l’établissement scolaire fut appelé École Théologique Saint-Cyprien.
